Den største trusselen mot sjøørret er lakselus fra oppdrett av laks og regnbueørret. Utvandring fra elvene til sjøen skjer etter at ørreten har hatt et opphold i elven i 2 - 5 år, vanligvis tidlig mai (Sør-Norge) til juni-juli (Nord-Norge). Da er ørreten 10-25 cm.